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Aunque he intentado hacerlo directamente desde el entorno web incluso hice un proyecto para ello, ahora mismo la mejor forma de importar una BBDD MySQL grande es usando la consola SSH. A continuación te voy a explicar como hacer el proceso completo de subir base de datos a un servidor e importarla paso a paso.
1 Subir el archivo .sql al servidor
Para importar la base de datos tienes que subir el archivo .sql generado al servidor por FTP para poder acceder a el después por SSH, si no sabes como hacerlo te dejo este articulo de como configurar tu cuenta FTP con el cliente de Filezilla
2 Acceder a tu servidor por SSH
Si no sabes como acceder a tu servidor por SSH te dejo este artículo que te lo explican.
3 Importar la base de datos con el comando myql
Una vez accedemos a SSH nos dirigimos a la carpeta que hayamos subido el archivo .sql para crear la base de datos MySQL desde el propio archivo .sql , esto lo puedes hacer con el comando cd ruta de la carpeta la ruta de la carpeta la puedes coger desde el propio Filezilla por ejemplo si lo has subido a la carpeta tmp de la raiz sería cd tmp
Una vez estemos en la carpeta tenemos que escribir el siguiente comando:
mysql -h direccion_de_bd_destino -u usuario_bd -p nombre_bd < archivo.sql
el comando -h direccion_de_bd_destino se puede suprimir si la dirección de la base de datos destino es localhost o se puede poner -h localhost y los otros datos de la base de datos tienes que tenerlos a mano para hacer el proceso. Una vez ejecutas el comando te pedirá que le pongas la contraseña de la base de datos y si todo lo has puesto bien y todo va bien con esto importaras cualquier base de datos sin importar el tamaño. Lo único que tienes que tener en cuenta es que si es muy grande tardará un poco mas en hacer el proceso.